기부금으로 운영되는 공익법인 M 법인은 목적사업을 수행하는 소속 연구원들에게 인건비를 지급하기 위해 기부금을 지출할 수 있도록 해달라는 기부금 기본재산 편입예외 승인을 매 분기 신청하여 왔는데, 주무관청은 20년 만에 갑자기 M 법인이 상근임직원 정수를 승인받지 않았다는 이유로 이를 반려하고, ‘상근임직원 인건비는 기본재산 운용소득의 20%를 초과할 수 없다’는 내부 기준을 이유로 상근임직원 정수 승인 신청도 반려하였습니다. 30여 년간 꾸준히 연구 사업을 해온 M 법인은 인건비 지급이 전면 불가능하게 됨에 따라 하루아침에 해체될 위기에 놓였습니다.

태평양과 동천은 M 법인이 주무관청을 상대로 처분의 취소를 청구하는 소송을 대리하여, M 법인처럼 학술연구를 목적사업으로 하는 공익법인은 인건비가 사업수행비용의 대부분을 차지할 수밖에 없고, 인건비를 기본재산 운용소득의 20%로 제한하는 주무관청의 내부 기준은 기본재산이 많고 인건비 지출이 적은 장학재단을 기준으로 설정된 것이어서 이를 특성이 다른 공익법인에게 적용하는 것은 부당함을 주장하였습니다. 법원은 해당 주무관청의 내부 기준을 일률적으로 적용하는 것은 타당하지 아니함을 인정하여 상근임직원 정수승인 신청 반려처분을 취소하였고, 2022년 12월 1심 판결이 확정됨에 따라 M 법인은 다시 연구활동을 지속할 수 있게 되었습니다.

본 판결은 공익법인에 대한 일률적이고 행정편의주의적인 인건비 규제가 위법함을 명시한 사례로서, 향후 공익법인의 공익활동 활성화에 긍정적 영향을 미칠 것이라 기대됩니다.