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사회적경제 | [기고] 협동조합과 세금

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작성자 재단법인 동천1 작성일18-10-12 13:49 조회117회

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협동조합의 성장을 위한 제도개선 과제 중 필두에 있는 사항은 협동금융의 활성화와 협동조합에 걸맞는 조세제도의 개선일 것이다. 이 중 조세제도와 관련하여, 현행 세법은 납세의무자를 영리와 비영리로만 나누어 비영리법인에 추가 혜택을 부여하는 방향으로 구성되어 있을 뿐, 중간영역에 속하는 협동조합에 대하여는 거의 내용을 두고 있지 않고 있다. 조세특례제한법이나 지방세특례제한법(이하 ‘지특법’)에서도 사회적 기업 및 개별법상 협동조합에 대한 일부의 조세 특례만 있을 뿐, 협동조합기본법에 근거하여 설립된 협동조합에 대한 조세 혜택은 찾기 어렵다. 사실 혜택은커녕, 협동조합은 과세현장에서 아래와 같이 철저한 역차별을 받고 있는 상황이다.

 

잦은 출자금 변동에 따른 과도한 등록면허세
협동조합은 출자금이 변경되는 경우 회계연도 말을 기준으로 그 회계연도가 끝난 후 3개월 이내에 변경등기를 하여야 하고, 이러한 등기를 게을리할 경우 100만원 이하의 과태료가 부과된다. 이에 따라 협동조합이 설립등기 또는 변경등기를 하는 경우에는 납입한 금액의 1,000분의 4를 등록면허세로 납부하여야 하는데, 산정된 등록면허세가 112,500만원에 미달하는 경우에는 최저한세로 112,500원을 납부하여야 한다. 나아가 대도시에서 협동조합을 설립하거나 출자금이 증가하는 경우에는 등록면허세가 3배로 중과되고, 등록면허세의 최저한세도 중과되므로 결과적으로 등록면허세 최저한세로 337,500원을 부담하게 된다. 실제로 협동조합의 설립등기 또는 출자금 증가로 인한 변경등기를 신청하는 과정에서 부대세를 포함하여 40여만원에 이르는 등록면허세 고지서를 받고 놀라는 실무자들이 많다. 이러한 등록면허세는 미등기에 따른 과태료 부과를 회피하기 위해 매년 출자금 변경등기를 할 수밖에 없는 협동조합의 입장에서는 상당한 부담이 될 수밖에 없다.

그러나 이러한 등록면허세의 최저한세와 그 중과세는 출자금 변경이 잦은 협동조합의 본질적 특성이 전혀 고려되지 않은 것으로 생각된다. 주식회사나 비영리법인은 유상증자 또는 기본재산 편입을 하는 경우가 많지 않고, 한다고 하더라도 금액의 규모가 매우 커서 최저한세가 문제되지 않는다. 따라서 주식회사와 비영리법인의 경우 자본변동으로 인한 등록면허세를 납부할 일이 거의 없고, 납부하더라도 등기에 따른 소액의 행정비용으로 치부될 수 있다. 반면 협동조합은 조합원의 가입과 탈퇴가 자유롭다는 조직의 특성 때문에 출자금이 수시로 변동되는데, 이 때 출자 1좌당 금액이 낮은 협동조합들은 변동되는 금액이 미미할 수 있다. 그러나 이 경우에도 등록면허세의 최저한세와 중과세가 적용되어 변경등기시 매년 40여만원에 이르는 세금을 내야 하는 것이다. 

등록세란 공부(公簿)상의 등기나 등록 행위에 대해 과세되는 세금이다. 공부상의 등기 또는 등록을 하게 되면 그 공부상의 등기자 또는 등록자는 법률에 의해 일정한 권리를 보호받을 수 있다. 대신 정부는 그 권리를 보호해주는 행정행위에 대한 반대급부적 성격의 수수료를 권리자로부터 징수하는데, 이것이 바로 등록면허세이다. 즉, 등록면허세는 등기라는 행정서비스에 대한 일종의 수수료인 것이다. 그러나 협동조합이 현재 부담하고 있는 등록면허세는 변경등기로 인한 실익과 비교할 때 행정서비스에 대한 대가라고 하기에 지나친 액수라고 생각된다. 배보다 배꼽이 더 큰 상황이다.

 

조직변경 시에 발생하는 취득세 문제

얼마 전 사회적 협동조합으로 조직변경을 한 주식회사가 조직변경을 원인으로 부동산 소유권이전등기를 한 사안에서, 수백만원에 이르는 취득세가 부과된 바 있다. 지방세법은 부동산의 무상취득에 대하여 이를 취득한 자에게 취득세를 부과하도록 규정하고 있으므로, 과세관청은 이를 근거로 위 사회적 협동조합에 취득세를 부과한 것으로 추정된다.

지방세법은 '취득'을 "매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득"으로 매우 폭넓게 정의하고 있는 점(지방세법 제6조 제1호), 대법원도 지방세법이 소유권 이전의 형식에 의한 취득의 모든 경우를 취득세 과세대상으로 파악하여 존속·신설법인이 소멸법인의 자산을 이전받는 형식 자체를 취득세의 과세대상인 취득이라고 해석하고 있는 점(대법원 2015. 12. 10. 선고 2015두50481 판결 참조), 지방세 체계상 합병이나 공유물과 합유물의 분할·이혼시 재산분할 등 형식적 취득이 발생하는 경우에도 세율만 감면해줄 뿐 여전히 취득세 부과대상으로 삼고 있는 점(지방세법 제15조, 지특법 제57조의2 참조)에 비추어 보면, 조직변경을 원인으로 한 소유권이전등기도 어쩔 수 없이 취득세 과세대상으로 해석될 것으로 보인다. 관련하여 지특법은 법인세법상 적격합병, 개별법상 협동조합이나 새마을금고법상 새마을금고간 합병, 공공기관이 근거법령의 개정 또는 폐지로 인하여 상법상의 회사로 조직 변경됨에 따라 취득하는 사업용 재산 등에서 형식적 취득에 대한 취득세를 면제해주고 있고 있으나(지특법 제57조의2 참조), 협동조합기본법에 따른 협동조합으로의 조직변경에 관하여는 아무런 감면규정을 두고 있지 않으므로, 지특법에 따른 취득세 감면도 요원하다.

그러나 주식회사에서 협동조합으로 조직변경을 하더라도 법인격의 실체가 동일한 것이 명백하고, 이에 따라 협동조합기본법도 조직변경된 법인을 권리, 의무 관계에서 기존의 법인과 같은 법인으로 의제하고 있는데, 여기에 새로운 '취득'이 발생하였다고 가정하여 취득세를 부과하는 현행 세법의 태도는 부당하다. 기획재정부 또한 조직변경을 한 경우에도 "재산 및 권리의 이전을 원인으로 하는 국세 및 지방세"는 부과되지 않는다는 입장을 취한 바 있다. 나아가 주식회사에서 협동조합으로 조직을 변경하면 주식회사가 보유했던 부동산의 소유권이 공유화, 사회화됨으로써 결과적으로 토지공개념을 실현해나가는 과정이라고도 볼 수 있을 것인데, 이를 독려하기는커녕 여기에 세금을 부과해야 한다는 현행 세법과 과세관청의 태도는 이해하기 어렵다.

 

협동조합의 성장을 위하여 법령의 오류는 당장 시정되어야
이와 같이 현행 세법은 협동조합이라는 중간영역을 고려하지 않고 설계되었기 때문에 불합리한 과세사례가 다수 발생하고 있고, 향후 협동조합의 규모가 커질수록 위와 같은 사례의 수와 규모는 더욱 늘어날 것으로 전망된다. 따라서 협동조합의 중간적 성격이나 공공성에 대한 명확한 합의가 도출되면, 이를 기초로 과세제도 전반을 개편할 필요가 있다.

특히 위에서 언급한 취등록세의 문제는 협동조합의 성격에 관한 복잡한 담론과는 무관하므로 당장 법령 개정이 필요하다. 출자금 변경에 따른 등록면허세는 등기상 변동되는 출자금액보다 수수료인 등록면허세가 더 클 수 있다는 점에서, 조직변경에 따른 취득세는 권리의무관계를 그대로 승계하는 동일한 법인에 대한 과세이며 기획재정부 스스로의 해석과도 맞지 않는다는 점에서 법령상의 오류가 직관적으로 명백하기 때문이다. 

이러한 결과가 발생한 이유는 협동조합이라는 존재하지 않던 법인격이 협동조합기본법의 제정과 함께 신설되었기 때문이다. 새로운 법인격이 신설되면서 관련 법령이 이에 발맞추어 개정되지 않았기 때문에 이러한 오류가 발생할 수 있는 것은 어찌 보면 당연할 수 있다. 그러나 협동조합기본법이 제정된지 벌써 6년이 지났고, 협동조합 전체의 자산이 될 수 있었던 수십억원의 재산이 취등록세로 납부되었다. 협동조합의 공익성, 비영리성 등 이념적 논쟁과 무관하게 등록면허세와 취득세와 같이 세법취지상 불합리성이 명백한 부분의 개정은, 더 이상 미래의 과제로 미루어 둘 수 없다고 생각한다. 

 

[위 글은 라이프인에 칼럼으로 기고되었습니다(http://www.lifein.news/news/articleView.html?idxno=2834)]

 

재단법인 동천

정순문 변호사